การผ่าตัดสร้างอวัยวะเพศชายในชายข้ามเพศ มี 2 แบบคือ แบบเมตตอยด์ ( Metoidioplasty) กับ แบบ ฟาร์โร (Phalloplasty) เพื่อเสริมสร้างความมั่นใจในความเป็นเพศชาย สามารถยืนปัสสาวะในห้องน้ำชายได้ ความแตกต่างของการผ่าตัดสร้างอวัยวะเพศชายในชายข้ามเพศ แบบเมตตอยด์( Metoidioplasty)กับ แบบ ฟาร์โร(Phalloplasty) มีดังนี้
การสร้างอวัยวะเพศชายแบบ ฟาร์โร (Phalloplasty) จะใช้เนื้อเยื่อตามส่วนต่าง ๆ ของร่างกายมาสร้าง เป็นอวัยวะเพศชาย เช่น จากแขนด้านใน (Radial Fprearm )ต้นขา ( Thigh) และ หน้าท้อง (Abdomen) ศัลยแพทย์นำเนื้อเยื่อมาม้านเป็นลำ (shaft) และตกแต่งหัว (glans) ของอวัยวะเพศชาย พร้อมต่อท่อปัสสาวะออกมาที่ปลายอวัยวะเพศชาย ทำให้สามารถยืนป้สสาวะได้อย่างเพศชาย การผ่าตัดสร้างอวัยวะเพศชายแบบ ฟาร์โร(Phalloplasty) มีการผ่าตัดหลายขั้นตอน ซึ่งต้องใช้หัตถการจำนวนมากและความชำนาญของแพทย์เป็นอย่างมาก ใช้เวลานานหลายเดือน จึงจะผ่าตัดเสร็จสมบูรณ์
การสร้างอวัยวะเพศชายแบบ แบบเมตตอยด์ (Metoidioplasty) ต้องมีการรับประทานฮอร์โมนเพศชาย หรือ Testosterone เป็นเวลาอย่างน้อย 1-2 ปี เพื่อทำให้คลิสตอริสถูกกระตุ้น เพิ่มขนาด ให้มากที่สุด ลักษณะของคริสตอริสที่มีขนาดใหญ่ จะมีลักษณะคล้าย องคชาตขนาดเล็ก หย่อนลงจากเนื้อเยื่อโดยรอบ ศัลยแพทย์จะสร้างท่อปัสสาวะมาที่ปลายองคชาต เอาหนังโดยรอบมาห่อหุ้มสร้างเป็นอวัยเพศชาย จึงสามารถยืนปัสสาวะได้ การสร้างอวัยวะเพศชาย แบบเมตตอยด์ (Metoidioplasty) เป็นการผ่าตัดสร้างอวัยวะเพศชายที่ไม่ซับซ้อน สามารถ ผ่าตัดเสร็จสมบูรณ์ในครั้งเดียว แต่ใช้เวลานานหลายชั่วโมง
ทั้งการผ่าตัดสร้างอวัยวะเพศชายแบบฟาโรห์ (Phalloplasty) และการผ่าตัดสร้างอวัยวะเพศชาย แบบเมตตอยด์ (Metoidioplasty) ต่างก็มีทั้งข้อดีและข้อเสีย การสร้างอวัยวะเพศชาย แบบฟาโรห์ (Phalloplasty) ทำให้ชายข้ามเพศมีอวัยวะเพศชายขนาดใหญ่กว่าแบบเมตตอยด์ (Metoidioplasty) จึงเหมาะกับคนไข้ที่ต้องการมีอวัยวะเพศชายขนาดใหญ่เหมาะกับสรีระร่างกาย ของผู้รับการผ่าตัด การสร้างอวัยวะเพศชายแบบฟาโรห์ (Phalloplasty) ซับซ้อนกว่า ใช้หัตถการมากกว่าใช้เวลานานหลายเดือน อาจจะถึง สองปี และพักฟื้นนานกว่าจึงจะผ่าตัดเสร็จสมบูรณ์ ส่วนการแปลงเพศ หญิงเป็นชาย แบบเมตตอยด์ (Metoidioplasty) ใช้เพียงหัตถการเดียว และพักฟื้นน้อยวันกว่า แต่ขนาดของอวัยวะเพศชายที่ได้อาจเล็กกว่าที่คนไข้ต้องการ คล้ายของเด็กอายุต่ำกว่า 10ปี
การเลือกการผ่าตัดสร้างอวัยวะเพศชาย แบบฟาโรห์(Phalloplasty) หรือ ผ่าตัดสร้างอวัยวะเพศชาย แบบเมตตอยด์ (Metoidioplasty) ขึ้นอยู่กับจุดประสงค์ ความต้องการ สรีระร่างกาย และประวัติสุขภาพคนไข้ คนไข้ต้องปรึกษาศัลยแพทย์ผู้เชี่ยวชาญ ซึ่งสามารถให้ข้อมูล และคำแนะนำ เพื่อให้ผลการผ่าตัดรักษาดีที่สุด